با افزایش شیوع کرونا ویروس جدید SARS-CoV-2 در جهان، جهش (موتاسیون)های مختلفی در این ویروس بوجود میآید که باعث بوجود آمدن واریانتهای ژنتیکی مختلفی از SARS-CoV-2 در مناطق مختلف جغرافیایی میشود. اخیرا چندین سویهی جهش یافته از این ویروس بعنوان سویههای نگران کننده (Variant of concern) یا VOC مطرح هستند (جدول 1) که شامل سویههای انگلیسی یا آلفا (B.1.1.7)، آفریقایی یا بتا (B.1.351)، برزیلی یا گاما (P.1)، هندی یا دلتا (B.1.617) و اومیکرون (B.1.1.529) هستند. هر یک از این سویههای جهشیافته دارای جهشهای منحصر بفرد در نواحی مختلف ژنوم خود هستند. مهمترین جهشهای بوجود آمده در ژن اسپایک (S) این ویروس که بعنوان Mutation of concern (MOC) مطرح هستند شامل جهشهای N501Y، E484K، L452R و K417N هستند که میتوانند باعث ایجاد تغییرات ساختاری مهمی در پروتئین اسپایک شوند و از این طریق بر رفتار ویروس اثر بگذارند. شواهد اخیر نشان دادهاند که این جهشهای بوجود آمده در سویههای VOC ممکن است باعث عدم تشخیص ویروس، افزایش عفونتزایی ویروس، مقاومت به درمانهای مبتنی بر آنتیبادی مونوکلونال و سرم درمانی و همچنین ایجاد تاثیر احتمالی منفی بر عملکرد واکسنها شوند. شناسایی و مانیتور کردن این سویههای نوظهور میتواند به تشخیص و کنترل بیماری کووید 19 کمک نماید. ژنوتایپینگ ویروس SARS-CoV-2 بر اساس جهشهای MOC میتواند در تشخیص واریانتهای ژنتیکی مذکور مفید باشد. روشهای ژنوتایپینگ مختلف بهمنظور بررسی پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی (SNPs) وجود دارند که از آن جمله میتوان به روش تکمن ریل تایم پیسیآر (TaqMan real-time PCR) اشاره نمود. این روش در مقایسه با روش گلد استاندارد (توالییابی DNA)، سریعتر و کم هزینهتر میباشد.
سویه (واریانت)های مختلف کروناویروس جدید
13
سپتامبر